Changes between Initial Version and Version 1 of LEGACY - i2b2 - PDO


Ignore:
Timestamp:
08/21/13 13:51:38 (12 years ago)
Author:
Richard Bramley
Comment:

--

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified

  • LEGACY - i2b2 - PDO

    v1 v1  
     1= i2b2 PDO (Patient Data Object - but actually much more)
     2
     3This is the main means of communication between the cells of i2b2 and can also be used with the Data Loader to import all kinds of data, not just patient data.
     4
     5== Example minimum and maximum set of PDO data
     6
     7{{{#!xml
     8<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
     9<pdo:patient_data xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
     10    xmlns:pdo="http://www.i2b2.org/xsd/hive/pdo/"
     11    xsi:schemaLocation="http://www.i2b2.org/xsd/hive/pdo/ ./i2b2_PDO.xsd">
     12
     13    <visit_dimension_set>
     14
     15        <!-- Maximum Visit Data -->
     16        <visit_dimension>
     17            <encounter_ide source="PULENCTMAP">XDFD45HSDG9578FDFG</encounter_ide>
     18            <patient_num>12345</patient_num>
     19            <inout_cd>I</inout_cd>
     20            <location_cd>MGH</location_cd>
     21            <location_path>Clinics\MGH\Oral Surgury</location_path>
     22            <start_date>1999-02-28T13:59:00</start_date>
     23            <end_date>1999-02-28T13:59:00</end_date>
     24            <visit_blob/>
     25            <update_date>1999-02-28T13:59:00</update_date>
     26            <download_date>1999-02-28T13:59:00</download_date>
     27            <import_date>1999-02-28T13:59:00</import_date>
     28            <sourcesystem_cd>RPDRASTHMA</sourcesystem_cd>
     29            <upload_id>123</upload_id>
     30        </visit_dimension>
     31
     32        <!-- Minimum Visit Data -->
     33        <visit_dimension>
     34            <encounter_num>1234567</encounter_num>
     35            <patient_id source="EMP">123456789</patient_id>
     36        </visit_dimension>
     37
     38    </visit_dimension_set>
     39
     40    <concept_dimension_set>
     41
     42        <!-- Maximum Concept Data -->
     43        <concept_dimension>
     44            <concept_path>i2b2\Diagnoses\C0004096</concept_path>
     45            <concept_cd>UMLS:C0004096</concept_cd>
     46            <name_char>Asthma</name_char>
     47            <concept_blob/>
     48            <update_date>1999-02-28T13:59:00</update_date>
     49            <download_date>1999-02-28T13:59:00</download_date>
     50            <import_date>1999-02-28T13:59:00</import_date>
     51            <sourcesystem_cd>ASTHMADICT</sourcesystem_cd>
     52            <upload_id>234</upload_id>
     53        </concept_dimension>
     54
     55        <!-- Minimum Concept Data -->
     56        <concept_dimension>
     57            <concept_path>i2b2\Diagnoses\C0004096</concept_path>
     58        </concept_dimension>
     59
     60    </concept_dimension_set>
     61
     62    <provider_dimension_set>
     63
     64        <!-- Maximum Provider Data -->
     65        <provider_dimension>
     66            <provider_path>BWH\Pathology\B001234567\12345</provider_path>
     67            <provider_id>B001234567</provider_id>
     68            <name_char>Doctor, John A., MD</name_char>
     69            <provider_blob/>
     70            <update_date>1999-02-28T13:59:00</update_date>
     71            <download_date>1999-02-28T13:59:00</download_date>
     72            <import_date>1999-02-28T13:59:00</import_date>
     73            <sourcesystem_cd>token</sourcesystem_cd>
     74            <upload_id>345</upload_id>
     75        </provider_dimension>
     76
     77        <!-- Minimum Provider Data -->
     78        <provider_dimension>
     79            <provider_path>BWH\Pathology\B001234567\12345</provider_path>
     80            <provider_id>B001234567</provider_id>
     81        </provider_dimension>
     82
     83    </provider_dimension_set>
     84
     85    <patient_dimension_set>
     86
     87        <!-- Maximum Patient Data -->
     88        <patient_dimension>
     89            <patient_id source="EMP">123456789</patient_id>
     90            <vital_status_cd>Y</vital_status_cd>
     91            <birth_date>1930-02-28T13:59:00</birth_date>
     92            <death_date>2001-02-28T13:59:00</death_date>
     93            <sex_cd>F</sex_cd>
     94            <age_in_years_num>71</age_in_years_num>
     95            <language_cd>ENGL</language_cd>
     96            <race_cd>B</race_cd>
     97            <marital_status_cd>M</marital_status_cd>
     98            <religion_cd>CA</religion_cd>
     99            <zip_cd>12345-1234</zip_cd>
     100            <statecityzip_path>Zip codes\Massachusetts\Boston\02120\</statecityzip_path>
     101            <patient_blob/>
     102            <update_date>1999-02-28T13:59:00</update_date>
     103            <download_date>1999-02-28T13:59:00</download_date>
     104            <import_date>1999-02-28T13:59:00</import_date>
     105            <sourcesystem_cd>token</sourcesystem_cd>
     106            <upload_id>456</upload_id>
     107        </patient_dimension>
     108
     109        <!-- Minimum Patient Data -->
     110        <patient_dimension>
     111            <patient_num>1234</patient_num>
     112        </patient_dimension>
     113
     114    </patient_dimension_set>
     115
     116    <observation_fact_set>
     117
     118        <!-- Maximum Observation Data -->
     119        <observation_fact>
     120            <encounter_num>1234567</encounter_num>
     121            <patient_ide source="EMP">XRTU8GT9FKIS35DSVB</patient_ide>
     122            <concept_cd>CODING-SYSTEM:V450</concept_cd>
     123            <provider_id>12345</provider_id>
     124            <start_date>1999-02-28T13:59:00</start_date>
     125            <modifier_cd/>
     126            <valtype_cd>N</valtype_cd>
     127            <tval_char>Some Text Value</tval_char>
     128            <nval_num>1.0</nval_num>
     129            <valueflag_cd>float (or some code)</valueflag_cd>
     130            <quantity_num>1.0</quantity_num>
     131            <units_cd>ml</units_cd>
     132            <end_date>1999-02-28T13:59:00</end_date>
     133            <location_cd>MGH</location_cd>
     134            <confidence_num>95</confidence_num>
     135            <observation_blob/>
     136            <update_date>1999-02-28T13:59:00</update_date>
     137            <download_date>1999-02-28T13:59:00</download_date>
     138            <import_date>1999-02-28T13:59:00</import_date>
     139            <sourcesystem_cd>RPDRASTHMA</sourcesystem_cd>
     140            <upload_id>567</upload_id>
     141        </observation_fact>
     142
     143        <!-- Minimum Observation Data -->
     144        <observation_fact>
     145            <encounter_id source="PULENCTMAP">123456</encounter_id>
     146            <patient_num>1234</patient_num>
     147            <concept_cd>CODING-SYSTEM:V450</concept_cd>
     148            <provider_id>12345</provider_id>
     149            <start_date>1999-02-28T13:59:00</start_date>
     150            <modifier_cd/>
     151            <observation_blob></observation_blob>
     152        </observation_fact>
     153
     154    </observation_fact_set>
     155   
     156    <observation_fact_set concept_name="1" concept_path="1">
     157        <observation_fact>
     158            <encounter_num>1</encounter_num>
     159            <patient_num>1</patient_num>
     160            <concept_cd>1</concept_cd>
     161            <provider_id></provider_id>
     162            <start_date>1999-02-28T13:59:00</start_date>
     163            <modifier_cd></modifier_cd>
     164        </observation_fact>
     165    </observation_fact_set>
     166
     167</pdo:patient_data>
     168}}}